某个优闲的日子里，冬树与KERORO小队一起去参观印加帝国遗迹—马丘比丘。他们在那里进入了一个迷宫，但Keroro粗心大意地误触了连环陷阱，大家只能赶快往前奔跑逃命。而冬树在逃跑的同时，瞥见了一个伫立在迷宫之中，一动也不动的神秘少女。冬树就这样带着对少女的疑问回到了东京，并渐渐遗忘了这个事情。 然而，最强的敌人就在此时无预警的现身。这个敌人的相貌竟然跟Keroro无太大分别，并且准备好带着优秀的部下，开始展开侵略世界各地。Keroro小队这次，将为了蓝星的命运而战。

该作讲述了来自Gamma星云第58号行星的宇宙侵略军特殊先遣工作部Keroro，为了给征服地球做准备而潜入了日向家，结果因行迹败露被日向冬树和日向夏美发现并生擒。